مواد موثره گیاهی می‌توانند بسته به ویژگی‌ها و عملکرد آن‌ها به چند دسته‌بندی کلی تقسیم شوند.
در زیر چند دسته‌بندی رایج مواد موثره گیاهی را بررسی خواهیم کرد:
- آنتی‌اکسیدان‌ها: مواد موثره گیاهی که می‌توانند در مقابل اکسیداسیون و آسیب‌های ناشی از رادیکال‌های آزاد محافظت کنند. برخی از مواد موثره گیاهی آنتی‌اکسیدانی عبارتند از ویتامین C، ویتامین E، بتاکاروتن، لیکوپن و سلنیوم.
- فیتوشیمیکال‌ها: مواد موثره گیاهی که در گیاهان یافت می‌شوند و خواص بهداشتی و پیشگیری از بیماری‌ها را دارند. برخی از فیتوشیمیکال‌ها شامل فلاونوئیدها، فنل‌ها، ایزوفلاوونوئیدها، کاروتنوئیدها و غیره هستند.
- آلکالوئیدها: ترکیبات شیمیایی آلی که در گیاهان وجود دارند و به دلیل ویژگی‌های دارویی و سمی آن‌ها مورد توجه قرار می‌گیرند. برخی از آلکالوئیدها شامل کافئین، نیکوتین، مورفین و کینین هستند.
- اسانس‌ها: مواد موثره گیاهی که به طور عمده در روغن‌های گیاهی یافت می‌شوند و بوی خاصی دارند. برخی از اسانس‌ها شامل رزماری، نعناع، آویشن، نارنج، لیمو و صمغ‌های گیاهی هستند.
- پلی‌فنل‌ها: مواد موثره گیاهی با خواص ضد التهابی، ضد قارچی و ضد باکتری‌ای که در برخی میوه‌ها، سبزیجات، گیاهان دارویی یافت می‌شوند.
- گلیکوزیدها: ترکیبات شیمیایی که شامل قسمت قندی و یک قسمت غیر قندی هستند و در گیاهان وجود دارند. برخی از گلیکوزیدها شامل ساپونین‌ها و ترپنوئیدها هستند.
- سایر مواد موثره گیاهی: این دسته شامل مواد موثره گیاهی دیگری است که به دلایل مختلف در دسته‌بندی‌های قبلی نیستند. به عنوان مثال، پلی‌ساکاریدها، مواد معدنی گیاهی (مانند آهن، کلسیم و منیزیم) و ویتامین‌های گروه ب می‌توانند در این دسته قرار بگیرند.